銳賽生物

靶標發現與功能驗證基因操作和基因組編輯藥物靶標開發生化/細胞水平驗證高通量高內涵分析GPCR/核受體檢測激酶檢測體外藥理學體外安全性評價藥代動力學毒理學評價藥代動力學/毒理學抗腫瘤藥理評價代謝類和心腦血管疾病藥理評價中樞神經系統藥理評價炎癥/自身免疫疾病藥理評價體內藥理學立項成果展示腫瘤個性化治療項目QPCRWB檢測ELISA檢測甲基化檢測SNP檢測高效液相色譜法(HPLC)蛋白質譜基因芯片核酸、蛋白分析服務目的基因的ORF克隆化學合成質粒載體構建siRNA的細胞轉染及篩選技術服務shRNA載體構建及篩選技術服務RNAi病毒包裝及篩選技術服務miRNA的表達載體構建及病毒包裝載體構建及篩選服務chipchip-seqIPCO-IPRNA免疫共沉淀(RIP)RNA pull down免疫共沉淀實驗服務慢病毒包裝腺病毒包裝細胞培養原代細胞分離干細胞誘導分化CCK-8檢測流式周期檢測流式凋亡檢測流式分選細胞流式鑒定細胞表面抗體活性氧(ROS)檢測線粒體膜電位檢測transwell檢測管腔形成實驗細胞黏附實驗細胞克隆形成實驗細胞免疫熒光檢測穩轉株構建雙熒光素酶檢測細胞干性成球能力磁珠分選細胞MDA(丙二醛)檢測酶活動力學檢測HDA檢測細胞實驗服務常規化學染色免疫組化(IHC)免疫熒光(IF)原位雜交(ISH)熒光原位雜交(FISH)原位末端標記染色(TUNEL)組織樣本處理拍照處理病理學檢測服務裸鼠皮下成瘤(CDX模型)人源腫瘤移植模型(PDX模型)糖尿病/肥胖模型心血管類疾病模型腎臟疾病模型肝臟疾病模型炎癥與自身免疫疾病模型呼吸系統疾病模型其他疾病模型動物實驗服務2019精品SCI2018精品SCI2017精品SCI往年精品SCI案例庫漂亮SCI案例庫科研轉化成果u.cad癌癥篩查檢測全外顯子組基因檢測其他疾病基因檢測生物信息數據分析服務腫瘤學領域研究平臺病理學中心實驗室心血管與代謝領域疾病研究平臺炎癥與自身免疫疾病領域研究平臺特發肺纖維化疾病領域研究平臺抗體藥物一體化臨床前研發平臺藥性評價平臺公司新聞價值金字塔三元悖論為客戶贏得榮譽誠覓英才內部推薦加入我們留言板聯系我們推薦朋友SCI論文發表獎勵制度科研資助POLOdeliverer3000CCK-8Annexin V-FITCAnnexin V-RFPECL 發光液細胞周期與凋亡檢測自研試劑基因質粒病毒免費送細胞庫動物飼料促銷活動

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SNP 檢測

SNP detection



實驗原理


單核苷酸多態性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)是指基因組上單個核苷酸的變異,人類基因組平均每1000個就有一個SNP。它是由基因組DNA某一特定核苷酸位置上單個堿基的轉換、顛換、插入或缺失引起的點突變,使得群體之間和個體之間產生了差異。其中轉換和顛換發生頻率較高,轉換是指同型堿基之間的轉換,即嘌呤與嘌呤、嘧啶與嘧啶間;顛換是指發生在嘌呤與嘧啶之間的替換。事實上轉換的發生頻率占多數,且CG序列上出現的SNP最為頻繁,而且多是C轉換為T(見圖5.5),原因是CG中的C常因為甲基化自發地脫氨基后即成為T。


QQ圖片3.png

圖5.5SNP轉換示意圖(C轉化為T)


技術應用


SNP作為第三代遺傳標記,在復雜疾病的基因定位、關聯分析、個體疾病易感性分析與藥物基因組學的研究中發輝了重要的作用。除醫學研究外,SNP已逐漸涉及遺傳學、生態學、作物育種眾多鄰域。研究對象也由人類擴展到有重要經濟價值和研究價值的動植物、微生物等。


實驗流程


圖片.png



實物

數據信息

實驗周期

客戶提供

待測樣本

待測序列SNP位點信息

5周

我們提供

基本實驗步驟、測序報告


實驗結果展示


圖片1.png

              5.6基因組DNA抽提電泳圖                                        圖5.7目的基因的PCR擴增電泳結果


圖片2.png

圖5.8目的基因SNP測序結果


TROUBLESHOOTLNG


實驗問題

原因

推薦解決方法

基因組DNA電泳條帶彌散?

樣本降解

重新抽提基因組DNA

無法擴增到目標條帶?

PCR反應條件不佳

優化PCR反應條件,如提高酶量,降低退火溫度。提高模板量等。

測序結果雙峰或亂峰,無法分析?

樣本不純

PCR產物必須采用膠回收,確保無非特異性條帶及引物殘留。


常見問題FAQ


Q:常見的SNP測定方法有哪些,優缺點是什么?

常見方法

優點

缺點

PCR測序法

SNP分析的金標準,可發現未知SNP位點。

每個位點均需要PCR擴增測序,成本較高,工作量大周期長,不適合大樣本做疾病關聯分析,且容易發生交叉污染。

Taqman探針法

適合已知SNP位點、位點數量少、通量高的檢測,結果直觀清晰,實驗閉管進行,因而減少了PCR污染的風險。

探針合成費用高,周期稍長,不能發現未知SNP位點。

PCR-RFLP

判斷依據酶切后產生片段的大小和數目的變化,技術簡便,價格便宜,僅使用已知SNP判斷,事宜少量樣本的實驗室檢測。

費時費力,靈敏度差;僅能檢測有酶切位點的SNP,不能確定何種SNP,無酶切位點不能檢測;需要凝膠電泳,DNA鏈二級結構容易造成人工假相,使結果出現偏差。

連接酶檢測反應

適用于任何多態性位點,不需要人工引入酶切位點;分型準確,其準確度可達99%以上;檢出率高,周期短。適宜100-3000個樣品,1-20個位點。

需進行多重PCR,多重LDR以及

ABl3730XL檢測。

芯片技術

與傳統的儀器檢測方法相比具有高通量、微型化、自動化、防污染等特點。

僅適用于全基因組SNP掃描,不適宜單個基因的SNP位點檢測,精度低,價格昂貴。

飛行時間質譜

(MALDL-TOFMS)

檢測速度快,理論上能分析單個堿基的變化。

純物理加成易受到樣本因素的多種干擾,精確度難以保證。適宜于已經優化的特定SNP檢測,檢測過程需要多點質控,否則精確度很低。

Lllmina光纖微

珠芯片技術

起始樣品量要求很低,還能夠檢測多個感興趣的區域,從而檢出罕見的基因突變。

高通量SNP檢測,用于SNP在全基因組

上的掃描分析,價格昂貴。

HRM技術

高通量、簡單、快速、省錢、高靈敏度;閉管檢測,避免污染造成的假陽性;擴增區內已知和未知SNP都能檢測;靈敏度和精確度達到進100%。

目前僅有少數公司可以提供該項服務。



Q:如何提供待檢測的SNP位點信息?

A關于SNP位點的分析,可根據參考文獻給出RS號或者指定的一段基因序列,并標明SNP位點。以RS號rs1799946為例,可在NCBL網站SNP選項中搜索出相關位點信息如下:

A G C C T C T G T C A G C T C A G C C T C C A A A G

[A/G]AGCCAGCCTCTCCCCAGTTCCTGAA

HGVS Names:[NM_005218.3:c.-52G>A]

HGVS是Human Genome Variation Society(人類基因組變異協會)的簡稱,HGVS命名SNP法的規則是標出引用的核酸序列號(Reference Sequence,RefSeq)和SNP在該核酸序列中的位置,其中NM_005218.3是該核酸序列中的位置,G>A表示原始堿基是G,突變堿基是A。


Q:如何確定一個堿基的變異是突變還是SNP呢?

A人群中的變異幾率大于等于1%則可稱之為多態性,小于1%則為突變。通過群體樣本的變異幾率的數據分析可以判斷是突變還是SNP


Q:純合子、雜合子可否通過SNP測序法檢測到?

A每個SNP只有兩個等位基因,因此存在純合子(是指同一位點上的兩個等位基因相同的基因型個體,如AA)和雜合子(是指同一位點上的兩個等位基因不相同的基因型個體,如Aa)的可能。通過測序所得的峰圖結果可以分辨是純合子還是雜合子,如圖5.9所示:

圖片3.png

圖5.9純合子和雜合子SNP測序結果示意圖


參考文獻

1. Erichsen HC,Chanock SJ. SNPs in cancer research and treatment.Br J Cancer 2004,90(4):747-51.

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